明 朝 ， 澳 門 在 行 政 系 統 上 由 香 山 縣 主 管 。 澳 門 尚 無 系 統 性 行 政 機 構 。 因 為 澳 門 是 港 口 ， 所 以 它 受 負 責 廣 東 海 防 管 理 的 海 道 副 使 管 轄 。 明 代 曾 在 澳 門 設 有 守 澳 官 。
一 七 四 三 年 廣 東 按 察 使 潘 思 ， 兩 廣 總 督 策 楞 根 據 澳 門 是 海 彊 要 衝 、 洋 舶 襟 喉 、 接 近 廣 州 省 會 的 地 理 位 置 ， 以 及 葡 萄 牙 人 欺 侮 居 民 、 迫 民 入 教 、 販 賣 子 女 、 冒 禁 觸 法 等 情 況 ， 認 為 必 須 在 縣 丞 一 級 機 構 之 上 再 增 設 “ 澳 門 海 防 軍 民 同 知 ” ， 來 加 強 對 澳 門 的 管 理 。 其 職 責 很 大 ， 即 為 ： “ 專 理 澳 夷 事 務 ， 兼 管 督 捕 海 防 ， 宣 佈 朝 廷 之 德 意 ， 申 明 國 家 之 典 章 。 凡 駐 澳 民 夷 ， 編 查 有 法 ， 洋 船 出 入 ， 盤 驗 以 時 ， 遇 有 姦 匪 匿 、 唆 誘 民 夷 、 門 爭 盜 竊 及 販 賣 人 口 、 私 運 禁 物 等 事 ， 悉 歸 查 察 辦 理 ， 通 報 查 核 ， 庶 防 微 杜 漸 ， 住 澳 夷 人 不 至 蹈 於 匪 夷 ， 長 享 天 朝 樂 利 之 體 ， 而 海 彊 亦 永 荷 敉 寧 之 福 矣 。 ” 此 官 集 行 政 、 司 法 、 軍 事 、 治 安 等 職 於 一 身 ， 列 為 正 五 品 ， 這 反 映 了 此 官 實 際 上 是 清 廷 派 出 管 理 澳 門 的 地 方 小 政 府 。
清 代 在 海 關 方 面 ， 在 澳 門 設 粵 海 關 監 督 行 署 ， 下 設 四 個 小 稅 館 ， “ 澳 有 關 稅 ， 一 主 抽 稅 ， 曰 小 稅 館 ； 一 主 稽 查 ， 曰 南 灣 稅 館 ， 專 稽 查 民 夷 登 峰 及 探 望 蕃 舶 出 入 ； 曰 媽 閣 稅 館 ， 專 稽 查 廣 東 福 建 二 省 寄 港 商 漁 船 隻 ， 防 透 漏 ， 杜 姦 匪 。 ” 從 行 政 機 構 設 置 看 ， 明 清 兩 代 對 澳 門 的 管 理 日 加 重 視 。
明 清 政 府 對 澳 門 一 直 擁 有 無 可 爭 議 的 主 權 ， 在 主 權 原 則 上 行 使 各 種 管 理 。
1. 土 地 管 理 。 一 是 徵 收 地 租 。 從 一 五 七 三 年 起 ， 明 清 政 府 每 年 對 居 住 澳 門 的 葡 萄 牙 人 徵 收 五 百 兩 地 租 ， 不 久 又 另 加 火 耗 銀 十 五 兩 ， 共 五 百 一 十 五 兩 ， 一 直 延 續 至 道 光 二 十 九 年 （ 一 八 四 九 ） ， 長 達 二 百 七 十 六 年 ， 才 被 亞 瑪 勒 宣 佈 拒 絕 繼 續 繳 納 。
2. 軍 事 管 理 。 明 清 政 府 均 設 有 參 將 、 副 將 機 構 於 前 山 ， 對 澳 實 行 軍 事 管 理 。 為 加 強 防 範 ， 不 繼 增 加 駐 軍 數 量 。 一 六 一 一 年 ， “ 調 千 人 戍 之 ” 。
到 了 參 將 移 駐 前 山 寨 時 ， 除 陸 軍 外 還 有 海 軍 ， 而 且 組 織 嚴 密 。 到 了 清 初 前 山 寨 仍 設 參 將 府 如 明 制 ， 但 兵 力 卻 比 前 堵 加 到 二 千 名 ，增 設 二 名 千 總 、 二 名 把 總 。
3. 行 政 管 理 。 明 清 政 府 把 澳 門 分 為 二 個 不 同 區 域 進 行 行 政 管 理 。對 澳 門 城 以 北 的 華 人 村 落 之 中 國 人 管 理 辦 法 基 本 上 與 內 地 一 致 ， 即 設 立 保 甲 里 甲 制 度 ， 禁 止 中 國 人 到 葡 人 住 宅 區 進 行 貿 易 及 居 住 。
4. 司 法 管 理 。 中 國 政 府 對 澳 門 司 法 管 理 是 十 分 嚴 格 的 ， 不 管 華 人 還 是 葡 人 獨 犯 刑 律 ， 皆 由 中 國 政 府 按 法 律 程 序 懲 處 ， 同 時 規 定 普 通 案 件 由 澳 門 縣 丞 審 決 ， 重 大 案 件 由 澳 門 同 知 審 決 ， 並 報 廣 東 督 撫 終 審 。 倫 斯 特 在 他 書 中 描 述 了 葡 人 犯 罪 受 懲 的 經 過 ：
澳 門 如 遇 有 殺 人 事 件 發 生 ， 葡 人 時 有 秘 密 以 錢 運 動 被 害 者 之 親 屬 ， 使 歸 於 和 平 解 決 。 惟 被 害 者 之 親 屬 ， 恆 不 願 和 平 解 決 ， 寧 告 於 中 國 官 憲 ， 要 求 合 法 處 置 。 如 是 澳 門 之 葡 官 員 ， 祇 得 逮 捕 兇 手 ， 審 問 其 事 件 之 經 過 ， 調 查 證 人 ， 檢 視 屍 體 ， 以 待 中 國 官 憲 之 來 澳 門 ， 然 後 將 兇 手 由 檢 事 受 與 中 國 官 員 ， 經 中 國 官 吏 審 問 被 者 親 屬 ， 訊 得 如 行 兇 等 經 過 情 形 後 ， 乃 具 狀 正 式 上 訴 於 廣 東 高 級 法 庭 。 如 判 決 結 果 ， 執 行 死 刑 ， 則 將 犯 罪 者 致 送 廣 東 處 刑 。
儘 管 在 數 百 年 中 ， 澳 門 犯 法 葡 人 力 圖 逃 避 中 國 法 律 之 制 裁 ， 但 明 清 政 府 始 終 堅 持 “ 化 外 人 有 犯 ， 並 依 法 問 斷 ” 的 法 律 原 則 。
5. 海 關 管 理 。 明 清 時 期 ， 中 國 政 府 在 澳 門 設 關 徵 稅 進 行 外 貿 管 理 。 在 明 代 ， 對 澳 門 葡 船 實 行 “ 抽 分 ” 的 方 式 ， 稅 率 為 十 分 之 二 ， 稅 收 指 標 為 二 萬 六 千 兩 。 一 五 七 一 年 改 為 按 船 額 大 小 收 舶 稅 。 一 六 八 五 年 清 朝 建 立 粵 海 關 ， 在 澳 門 設 有 關 部 行 台 ， 下 轄 大 碼 頭 、 娘 媽 閣 、 南 灣 和 關 閘 等 負 責 徵 收 商 船 。 明 、 清 政 府 在 澳 門 征 稅
收 取 蕃 稅 ， 是 明 朝 地 方 官 員 允 許 葡 萄 牙 人 在 廣 東 各 海 澳 居 住 貿 易 的 主 要 原 因 之 一 ， 也 是 廣 東 財 政 收 入 來 源 之 一 。
葡 萄 牙 人 來 到 澳 門 以 前 ， 明 朝 政 府 已 在 媽 閣 廟 附 近 設 有 一
個 河 舶 所 ， 不 但 向 當 地 漁 民 收 取 魚 稅 ， 也 向 外 國 商 船 抽 稅 。 當 越 來 越 多 的 葡 萄 牙 人 入 居 澳 門 後 ， 中 國 官 府 又 在 澳 門 設 立 海 關 ， 負 責 向 夷 舶 抽 稅 。 設 關 初 期 ， 抽 稅 仍 按 １ ５ ２ １ 年 （ 正 德 十 二 年 ） 所 定 則 例 ， 將 船 上 貨 物 抽 稅 ２ ／ １ ０ ， 還 貯 布 政 司 庫 ， ８ ／ １ ０ 的 貨 物 則 任 由 外 國 商 人 與 中 國 商 人 自 行 交 易 。 到 了 １ ５ ７ １ 年 （ 隆 慶 五 年 ） ， 明 朝 “ 以 夷 人 報 貨 奸 欺 ， 難 于 查 驗 ， 遂 改 定 丈 抽 之 例 ， 按 船 大 小 以 為 額 稅 ， 西 洋 船 定 為 九 等 ； 後 因 夷 人 屢 請 ， 量 減 抽 三 分 。 ”
繳 納 稅 餉 對 澳 門 葡 萄 牙 人 而 言 ， 是 使 他 們 自 私 商 變 成 餉 商 ， 取 得 合 法 貿 易 資 格 的 一 件 大 事 。 葡 萄 牙 商 船 再 也 不 必 因 躲 避 中 國 兵 船 而 造 成 船 毀 貨 沒 人 亡 的 慘 劇 。 中 國 政 府 自 改 征 收 舶 稅 以
來 ， 歷 明 清 兩 朝 約 ３ ０ ０ 年 的 時 間 ， 葡 萄 牙 人 一 直 都 照 章 繳 稅 。
澳 門 葡 萄 牙 人 所 繳 納 的 商 稅 ， 原 額 是 每 年 ２ ６ ０ ０ ０ 兩 銀 子 ， 至 １ ６ ０ ２ 年 （ 明 萬 歷 三 十 年 ） 減 為 ２ ２ ０ ０ ０ 兩 。 但 如 遇 到 某 些 特 殊 因 素 與 市 場 因 素 ， 舶 稅 則 偶 有 超 出 或 不 足 的 情 況 。 如 專 為 明 神 宗 搜 刮 關 稅 的 太 監 李 鳳 ， 將 廣 東 稅 額 增 至 每 年 ２ ０ 萬 兩 ， 廣 東 官 員 只 得 向 澳 門 葡 萄 牙 人 增 稅 ２ ０ ０ ０ ０ 兩 ， 使 廣 州 市 舶 司 所 收 舶 稅 一 度 多 達 ４ ０ ０ ０ ０ 多 兩 。 而 １ ６ １ １ 年 由 于 沒 有 船 只 駛 往 日 本 ， 澳 門 葡 萄 牙 人 僅 交 納 ９ ０ ０ ０ 兩 。
清 朝 初 期 ， 由 于 清 政 府 實 施 長 達 ２ ８ 年 的 海 禁 ， 甚 至 遷 海 ， 中 外 交 通 貿 易 幾 乎 斷 絕 。 澳 門 葡 萄 牙 人 雖 然 免 遭 逼 遷 ， 但 因 市 場 蕭 條 ， 沒 有 多 少 關 稅 可 言 。
１ ６ ８ ４ 年 （ 康 熙 二 十 三 年 ） ， 清 政 府 開 放 海 禁 ， 並 于 １ ６ ８ ５ 年 （ 康 熙 二 十 四 年 ） 在 廣 州 等 地 設 立 海 關 ， 主 持 對 外 貿 易 及 征 收 關 稅 事 宜 。 澳 門 的 中 國 海 關 編 入 廣 州 的 粵 海 關 管 理 ， 稱 “ 澳 門 總 口 ” ， 下 轄 大 碼 頭 口 、 南 灣 口 、 關 閘 口 及 娘 媽 閣 口 ， 其 職 權 為 稽 查 澳 門 的 外 國 商 船 貿 易 及 進 入 廣 州 事 宜 。 澳 門 葡 船 也 因 “ 往 日 多 載 珍 奇 ， 今 系 雜 貨 ， 今 昔 殊 異 ， 十 船 不 及 一 船 ， 請 于 原 減 之 外 ， 再 減 二 分 ； 東 洋 船 （ 包 括 澳 門 葡 船 ） 照 例 行 奉
。 ”
雍 正 、 乾 隆 以 後 ， 清 廷 對 夷 人 防 備 轉 嚴 ， 前 來 廣 州 的 外 國 商 船 ， 均 必 須 先 停 泊 在 澳 門 ， 向 澳 門 同 知 申 報 進 口 ， 並 辦 理 申 請 紅 牌 、 引 水 員 、 通 事 買 辦 才 能 駛 進 虎 門 卸 炮 ， 接 受 海 關 監 督 檢 查 丈 量 ， 才 準 駛 進 黃 埔 下 碇 ； 通 商 期 間 一 過 ， 外 商 也 不 得 在 廣 州 過 冬 ， 即 使 貨 物 未 賣 完 不 得 不 需 要 逗 留 ， 也 必 須 返 回 澳 門
居 住 。
這 種 海 關 制 度 對 澳 門 葡 萄 牙 人 是 相 當 有 利 的 ， 他 們 利 用 澳 門 地 租 房 租 日 昂 ， 賤 買 貴 賣 甚 至 只 租 不 賣 ， 賺 取 了 大 筆 收 益 。 再 加 上 澳 門 葡 船 獲 清 政 府 優 惠 ， 比 照 東 洋 船 丈 抽 ， 比 西 洋 船 少 抽 稅 ２ ０ ％ ， 使 澳 門 葡 萄 牙 人 的 經 營 比 較 安 定 。